В 1631 году русские землепроходцы во главе с атаманом Иваном Галкиным основали близ устья реки Кут Усть-Кутский острог.
В середине 17 века острог, утратив своё военное значение, стал важной пристанью, где сосредотачивались грузы, шедшие с Ишима и Верхней лены.
Город образован слиянием посёлков Усть-Кут и Осетрово в 1956 году.
Название города происходит от реки Кут (Кута), которое по-эвенкийски расшифровывается как "торфяное болото, топкое место, трясина".